Scenariusz „Doliny Issy” został oparty na powieści Czesława Miłosza, która uchodziła za skrajnie trudną do przeniesienia na język filmu. Pozbawiona wyrazistej fabuły, stanowiła rodzaj poetyckiej podróży w krainę dzieciństwa, gdzie postaci rzeczywiste pojawiają się równorzędnie z baśniowymi.

Akcja filmu Tadeusza Konwickiego rozpoczyna się na Litwie, w dolinie rzeki Issy, w 1916 roku. Osią fabularną utworu są losy żyjących tam ludzi – historia małoletniego Tomaszka, tragicznego w skutkach romansu miejscowego księdza i jego gosposi, nieodwzajemnionej miłości pokojówki Barbarki do swojego pana, postępującego szaleństwa leśnika Baltazara. Świat żywych przenika się ze światem zmarłych, a losom poszczególnych bohaterów towarzyszą znane z litewskich legend diabły i demony.