Akcja tego wystawnego filmu rozgrywa się na tle historycznego wydarzenia, jakim był XVI-wieczny polski akt prawny, gwarantujący wolność religijną. Szlachcic i kalwin Sieniawski przerywa chrzest kolejnego dziecka katolickiego rodu Bieleckich. Ojciec chrzestny, młody szlachcic Jan Bielecki, poprzysięga kalwinowi zemstę. Wyrusza do króla Zygmunta Augusta, gdy jednak dociera na jego dwór, król umiera. Nowy władca, Henryk Walezy, zapewnia poddanym swobodę religijną. Bielecki i inni katolicy czują się zdradzeni przez króla. Dochodzi do pogromu wyznawców innych religii. Na szczególną uwagę zasługują zdjęcia autorstwa Krzysztofa Ptaka oraz scenografia Zbigniewa Warpechowskiego.

Film Klejnot wolnego sumienia zostanie wyświetlony w wersji po rekonstrukcji cyfrowej wykonanej przez Filmotekę Narodową – Instytut Audiowizualny.