Akcja filmu rozgrywa się w dwóch planach czasowych – współcześnie i pod koniec XIX wieku. W szpitalu na oddziale intensywnej terapii umiera dziecko. Jakub, dyżurujący lekarz, wpada w histerię i zaczyna rozpamiętywać swoje dzieciństwo. Jako mały chłopiec został osierocony przez matkę. Wychowywał go ojciec, z którym nie potrafił się porozumieć. Teraz przeżywa trudny okres w życiu. Porywa swoją narzeczoną Marię i zawozi ją do opustoszałej hali, gdzie dokonuje swoistej psychodramy, wyrzucając z siebie tłumione frustracje. W części rozgrywającej się w XIX wieku, główną bohaterką jest Maria – młoda guwernantka, która opiekuje się Elżbietą, starą schorowaną kobietą, właścicielką dworu. Maria ucieka od rzeczywistości w obsesyjną i wyidealizowaną miłość do nowoprzybyłego do parafii księdza Jakuba. „Grzegorzek jest radykalnym przeciwnikiem opisowego realizmu, przyczynowo-skutkowej logiki opowiadania, życiowych motywacji. »Królowa aniołów« jest filmem wyjątkowo sensualnym. Dotyk odgrywa w nim kluczową rolę. Zmysłowy sposób wkładania jedzenia do ust, cielesność bohaterów, naładowanie erotyzmem. Rzeczywistość, jaką Grzegorzek tworzy na ekranie, jest gęsta, obsesyjna i neurotyczna. Emanuje z niej duch czasu. Niepokój końca wieku. »Królowa aniołów« jest niewątpliwie wydarzeniem naszej kinematografii” – pisała Maria Kornatowska.