Ruben, główny bohater, jest lekarzem, który pracuje w obozie robotników budujących drogę na pustyni w północnej części Meksyku. Po stracie dziecka i żony (zmarła przy porodzie) szuka zapomnienia w pracy i w alkoholu. Pewnego dnia wśród robotników wybucha panika – jeden z nich umiera wskutek ugryzienia przez chorego na wściekliznę obozowego psa. Okazuje się, że wcześniej ten sam pies ugryzł też doktora. Ruben wyrusza do miasta po szczepionkę – rozpoczyna się jego wyścig z czasem, tym bardziej dramatyczny, że w drodze lekarz zostaje wezwany do porodu. Ryzykując swoje życie, decyduje się jednak pomóc kobiecie. „Przez pustynię” to pierwszy meksykański film wprowadzony na ekrany w Stanach Zjednoczonych po podpisaniu w 1966 roku umowy o współpracy między kinematografiami amerykańską i meksykańską – wcześniej filmy meksykańskie docierały jedynie do krajów Ameryki Łacińskiej.