Rok 2035. Zabójczy wirus niemal doprowadza do zagłady ludzkości, a nieliczni ocaleni żyją pod ziemią. Więzień James Cole (Bruce Willis) zostaje wysłany w przeszłość do lat 90. XX wieku, aby zdobyć próbkę wirusa umożliwiającą opracowanie antidotum. Uznany za szaleńca zostaje umieszczony w szpitalu dla psychicznie chorych, gdzie, spotyka doktor psychiatrii (Madeleine Stowe) i niebezpiecznego pacjenta (Brad Pitt). Ale jego głównym zadaniem jest odnalezienie Armii 12 Małp - radykalnej organizacji podejrzewanej o rozprzestrzenienie wirusa.