Film „Dwie Flagi” opowiada historię Żydowskiego Związku Wojskowego. Chociaż temat powstania w getcie warszawskim wydawał się dobrze opracowany i znany, przez wiele lat przedstawiano go z perspektywy Żydowskiej Organizacji Bojowej. W filmie po raz pierwszy ukazana została formacja ŻZW, która mimo skromnej liczebności (około 400-450 osób), była największą siłą bojową w getcie. Dopiero w ostatnich latach pojawiły się publikacje na ten temat. Żydowski Związek Wojskowy utrzymywał intensywne relacje z polskim podziemiem niepodległościowym, które dostarczało gettu broń i amunicję w zamian za pieniądze i inne materiały wymienne.

W filmie wykorzystano dostępne w światowych archiwach wywiady filmowe z żołnierzami ŻZW, takimi jak: Ziuta Hartman, Dawid Landau, Józef Grynblatt i Fela Finkelsztein. Ich świadectwa uzupełnione są opiniami badaczy z Polski, Izraela i Francji. Producentami filmu są: Muzeum Getta Warszawskiego, Filmoteka Narodowa – Instytut Audiowizualny oraz Telewizja Polska.