Akcja filmu rozgrywa się na Bliskim Wschodzie w czasach krzyżowców i sułtana Saladyna. Tytułowy bohater to bogaty i religijny Żyd, który wychowuje chrześcijańską sierotę. Mimo, że zaznał wielu krzywd ze strony innowierców, jest apostołem wzajemnej tolerancji i pokojowego współżycia wyznawców trzech religii: judaizmu, chrześcijaństwa i islamu. Natan twierdzi, że każdy powinien być przede wszystkim człowiekiem, a dopiero później wyznawcą danej wiary.

"Natan Mędrzec" okazał się dziełem kontrowersyjnym. Był entuzjastycznie przyjmowany przez lewicowe kręgi intelektualistów, natomiast nie mógł być wyświetlany w miejscu swego powstania – Monachium – z racji protestów środowisk nacjonalistycznych, które uznały film za „prożydowską” propagandę (podobna sytuacja miała miejsce w Warszawie). Film został odnaleziony w archiwach moskiewskiego Gosfilmfondu i odrestaurowany przez monachijskie Filmmuseum. Obraz został zrealizowany z niezwykłym rozmachem produkcyjnym, na uwagę zasługuje również skomplikowana konstrukcyjnie narracja (liczne retrospekcje i wątki symultaniczne) oraz wspaniała kreacja Wernera Kraussa.