Małoletni syn pastora Hubiny ginie stratowany przez spłoszone konie. Edyta, załamana żona mężczyzny, postanawia wyjechać do mieszkającej w Pradze siostry. Tam poznaje von Kschitzky’ego, nauczyciela muzyki zafascynowanego hitleryzmem. Coraz bardziej zainteresowana nim Edyta zaprasza go do domu, gdzie von Kschitzky zaczyna ostentacyjnie zabiegać o jej względy. Oparta na opowiadaniu „Straszny czwartek w domu pastora” Karola Ludwika Konińskiego, „Samotność we dwoje” to psychologiczne studium podejmujące problem braku odporności wewnętrznej wobec nieszczęścia.